Когда-то на месте нынешнего дворца находился небольшой мавританский замок, который в результате войны был разрушен христианами. В 16-м веке его руинами стал владеть Лиссабонский госпиталь Всех Святых, силами
которого здесь была построена новая часовня. Совершивший паломничество в каталонский монастырь Монсеррат монах-бенедиктинец Гаспар Черный дал часовне одноименное название.

В 1601-м году земли Монсеррат были сданы в аренду богатой семье Мелу и Катру. Поместье превратили в загородную резиденцию и в 1718-м, благодаря своим связям при дворе, выкупили в собственность. Во время землетрясения 1755-го года вилла была разрушена. Поскольку денег на ее восстановление у семьи не было, пришедшее в упадок владение в 1790-м удалось продать богатому англичанину Джерарду Де Визму. Новый владелец Монсеррат привел территорию в порядок и построил здесь дворец в нео-готическом стиле.

Через время Монсеррат перешел в руки другого богатого британца — Уильяма Бекфорда. Он всерьез занялся благоустройством прилегающего к дворцу парка. Нанятые им ландшафтные дизайнеры прекрасно поработали и превратили парк в одно из самых красивых мест Португалии того времени. Сам лорд Байрон жил здесь несколько
месяцев.

Современный дворец Монсеррат был построен британцем Куком. В нем смешались три архитектурных стиля — мавританский, индийский и готический. Много сил Кук потратил и на создание парка Монсеррат. Здесь была
сооружена инновационная система полива, позволявшая сохранять газоны зелеными в любое время года. В парке появились редкие растения со всего мира. Из Мексики была привезена большая коллекция кактусов, так же в
парке была высажена крупнейшая в Португалии коллекция папоротников.

Когда и семейство Кука разорилось, земля и дворец Монсеррат были выкуплены земельным спекулянтом, который решил продать имение по частям. Однако, в дело вмешалось португальское правительство и дворец перешел в
собственность государства.